Ho tentato di leggere quel documento, ma presto mi sono reso conto che e' un semplice articolino vagamente divulgativo.
Come dico sempre, se sei un ingegnere, non leggere certe sciocchezze.
(fra l'altro ho notato la provenienza dello scritto: il sito di una associazione studentesca di destra.... e quando c'e' di mezzo la politica, le valutazioni tecniche, quasi sempre, vanno a farsi benedire)

dico due parole sui 3 punti da te citati:

- incidenti centrale e gestione centrale
mettendo da parte tutte le valutazioni e le analisi tecniche,
gli oltre 40 anni di uso pacifico dell'energia nuclare hanno dimostrato che non e' poi una fonte cosi' difficile da gestire. E ricordatelo sempre: un incidente nucleare e' molto difficile da nascondere, perche' la radioattivita' e' una delle cose piu' facilmente misurabili, anche in piccolissime quantita'.
Se ci fossero furiuscite gravi di materiale nucleare gli effetti si vedrebbero...

- gestione scorie
Non e' cosi' drammatica come spesso si sente ipotizzare.
Non mi sembra ci siano stati disastri ambientali derivati dalla gestione delle scorie nucleari ad oggi. (cosa che non si puo' dire per quel che riguarda la tecnologia chimica)
Il motivo e' semplice: le scorie nucleari (quelle di categoria III) sono prodotte in quantita' tuttosommato modeste, quindi facilmente sorvegliabili. I contenitori per il loro stoccaggio non sono semplici bottiglie di plastica, ma complessi sistemi.
I rifiuti di categoria II, cioe' rifiuti a bassa e media attivita', con tempo di dimezzamento < 30 anni (va ricordato che appartengono a questa categoria anche i rifiuti di origine ospedaliera e industriale) non richiedono strutture di contenimento critiche.
I rifiuti di categoria I sono ancora piu' semplici da sorvegliare (alcuni vanno semplicemente depositati in capannoni/recinti sorvegliati)
Da notare che il deposito nazionale riguarda essenzialmente lo stoccaggio delle scorie di categoria III. Finisco dicendo che le categorie II e I rappresentano la maggior parte dei rifiuti nucleari.

- proliferazione armi
dire che l'uso del nucleare permette di costruire armi nucleari e' ridicolo e vuol dire non sapere niente del combustibile nucleare.
Il materiale adatto alla costruzione di ordigni nucleari richiede un elevato arricchimento. Se l'ordigno usa uranio di solito si usano direttamente gli impianti di arricchimento, senza passare dalle centrali. Se si usa plutonio, ci vuole un impianto che lo produca in grosse quantita' (e non e' il caso dei reattori occidentali) e un impianto di estrazione e purificazione. Insomma ci vogliono installazioni dedicate (militari).
Va sempre ricordato che nel reattore vengono prodotti moltissimi radionuclidi, alcuni dei quali hanno attivita' particolarmente elevata. Prendiamo il plutonio. Per l'uso militare si utilizza il 239, la cui attivita' e' molto bassa, rendendolo facilmente manipolabile.
il problema e' che nei reattori in pressione (quelli diu' comuni) si produce anche Pu240 e Pu241, quest'ultimo decade beta in Am241 (terribilmente radioattivo) con il risultato che la maipolazione viene fortemente ostacolata. Quindi l'uso militare e' pressoche' impossibile.
Il vero rischio e' rappresentato dal Pu proveniente dallo smantellamento degli arsenali (specialemente quello russo, mal sorvegliato). Fu proposto di inquinare il Pu239 delle testate con Pu240 e Cs137 (quest'ultimo, potrebbe essere eliminato dalla matrice solo usando un grosso impianto di purificazione).
Anche costruire una bomba sporca, per contaminare e irraggiare un certo obiettivo, e' un'impresa complicata, il cui risultato piu' probabile e' la morte dell'autore prima che questi faccia il danno ipotizzato.
Ricordo questa massima: eliminare il nucleare per evitare la proliferazione e' come voler fermare tutta l'industria chimica per evitare ogni rischio di fabbricazione di esplosivi.